Papir za pakiranje je porozan materijal; njegova temeljna struktura sastoji se od biljnih vlakana i pomoćnih dodataka, koji mu daju jaka hidrofilna svojstva. Kada je izložen vlazi, papir se deformira; u teškim slučajevima može razviti mrlje od plijesni, a tijekom skladištenja sklona je promjeni boje i smanjenju vlačne čvrstoće.
Skladišta moraju biti suha, a razine vlage u okolišu treba strogo kontrolirati. Kada slažete papir, treba ga podignuti pomoću drvenih pragova-postavljenih otprilike 25 mm iznad poda-i držati ih na udaljenosti od zidova. Između paleta treba ostaviti znatne razmake kako bi se omogućila odgovarajuća ventilacija. Nakon što su složeni, papir i palete trebaju biti sigurno omotani zajedno pomoću rastezljive folije. Inventar treba povremeno pregledavati-obraćajući posebnu pozornost na stanje donjih-većine paleta-i načelo "Prvi-ušao, prvi-izišao" (FIFO) treba se strogo pridržavati kako bi se spriječilo propadanje papira uzrokovano produljenim skladištenjem. Tijekom upotrebe-posebno nakon rezanja ili tijekom procesa ispisa-sve ostatke papira ili neiskorištene zalihe treba odmah zamotati u rastezljivu foliju kako biste ih zaštitili od vlage.
Prilikom transporta lomljivih predmeta, zgužvani papir za pakiranje može se koristiti kao materijal za popunjavanje praznina-da zauzme prazne prostore unutar transportnog spremnika, čime se sprječava pomicanje predmeta i površinske ogrebotine [16]. Kartonske kutije izrađene od ambalažnog papira također zahtijevaju zaštitu od vlage; nadalje, s obzirom na njihovu nisku točku paljenja, tijekom skladištenja moraju se pridržavati posebnih mjera zaštite od požara. Kartonske kutije namijenjene za pakiranje hrane ne bi se trebale ponovno koristiti jer to dovodi do opasnosti od razmnožavanja bakterija i ugrožava sigurnost hrane.